와세다 제2고등학원은 1920년 설치된 와세다 대학 와세다 고등학원(早稲田大学早稲田高等学院)이 1922년 중학교 4년 수료자 대상의 제1고등학원 (3년제)와 중학교 졸업자 대상의 제2고등학원 (2년제)로 분리되며 만들어졌다.
